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芯片检测

一、芯片检测流程


样品质检-项目确认-芯片实验-数据分析


二、样品要求

 

1. DNA 浓度大于50ng/ul。

2. DNA 样品体积大于20ul。

3. DNA 总量大于1ug。

4. DNA 的吸光度260/280比值在1.7-2.1之间,琼脂糖电泳检测DNA主带清晰完整,无明显RNA污染及蛋白质大分子污染。

5. 请附送一管DNA样品的溶解介质。

6. 请务必保证样品运送过程中温度保持在4度以下,夏季以干冰运送为好。


三、illumina BeadArray SNP分型芯片的特点


1.密度高信息量大

BeadArray芯片密度高,9平方毫米的面积上有5万个不同类型的微珠,一张芯片最多可容纳300k特异性标记的微珠。 

2.需要样本量少,成本低
illumina芯片面积小意味着需要的标记样品量少,反应所需样品量仅为250ng;全基因组分型芯片仅为750ngDNA。

3.重复性好
由于标记的微珠混合均匀,且是自行组装的,不存在点样误差,每张芯片在解码时都通过杂交进行质量控制,illumina对不同304,556个SNP进行了对照实验,结果显示304,511个SNP无差异,重复性达到了99.99%。

4.实验成功率高
BeadArray技术是利用编码序列间接杂交的。所有的编码序列都经过特殊设计,具有近似的杂交温度,退火温度以及CG含量稳定等特点,杂交效率很高。所以,使用微珠芯片进行基因分型实验的成功率极高。对2,267,188个SNP进行分型,其中只有1,432个基因型未被检出,实验成功率达到了99.94%。

5.准确性好
对BeadArray芯片得到的1,940,990个SNP结果进行分析,从中只发现发了97个SNP有孟德尔遗传错误和578个基因重组错误。其孟德尔遗传错误率只有0.0049%,基因重组率错误只有0.029%。

6.芯片格式灵活多样
客户可根据样本量以及SNP位点数量来确定使用何种格式的芯片。


四、芯片种类


1.人类基因分型芯片(Human Genotyping)

illumina 的人类基因分型芯片,可支持全基因组、靶向基因组和外显子组的分析。由业界领先的BeadArray和Infinium检测技术所支持,它们可提供出色的数据质量和高密度的基因组覆盖。您可以选择专家定义内容的即用型 BeadChip 芯片,联盟开发的特定应用芯片,定制或半定制芯片,以满足特定的研究需求。


2.非人类基因分型芯片(Non-human Genotyping)

illumina 为其它物种的生物提供一套完整的基因分型芯片产品。对于作物、牲畜和模式生物,目前有即用型的 BeadChip 芯片方案可供选择,它们利用专家精选和联盟开发的内容。对于那些尚未开展遗传研究的生物,可利用已知或疑似标记创建定制的 iSelect 芯片。这些 BeadChip 芯片支持高通量的多重处理, 适合大量样品的研究,以每个样品的低价格带来高质量的数据。


3.人类甲基化芯片(The Infinium MethylationEPIC BeadChip)

DNA 甲基化对生命过程起到非常关键的作用,是基因精确调控的方法之一。在哺乳动物基因组中,DNA 甲基化是指 CpG 二核苷酸中的咆嘧啶第 5 位碳原子被甲基化。另外 DNA 甲基化是一种基因外修饰,不改变 DNA 的一级结构,它在细胞正常发育、基因表达模式以及基因组稳定性中起着至关重要的作用。基因的非正常甲基化往往和疾病关联,如肿瘤(抑癌基因的沉默);精神性疾病(Rett 综合症);X- 染色体沉默;自身免疫疾病等。DNA 甲基化已成为当前分子生物学的研究热点之一。研究者对通量更高、覆盖更全、性价比更高的甲基化芯片服务的需求更为迫切。

The Infinium MethylationEPIC BeadChip 甲基化芯片全面覆盖表观基因组的关联研究,可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的甲基化位点,包含三种规格试剂盒:16、32、96 样本。


4.各类定制芯片


⑴ 客户定制芯片

定制流程

a. Input File Type:客户将挑选好的位点信息(在基因名称、染色体区域、序列信息、rs 号、CNV 区域这五类信息中选其一)提交给怡美通德公司。

b. Assay Design Tool(ADT):Online 软件(ADT)对位点进行评分。

c. Score File:提供评分文件,除位点成功率预测外,软件还同时提供以下信息: 状态验证 (validation status)、 最小等位基因频率等。

d. 客户根据评分文件对位点进行调整。

e. 下单订购


⑵ 联盟定制芯片

illumina 从整合资源的角度出发推出了许多联盟定制芯片,这些芯片是由联盟成员选择定制芯片的位点,并承诺订购相应数量的芯片。这样做大大提高了样本数量,从而降低了单个样本的成本。目前已组成了多种人类和动植物的联盟。由于整合了联盟成员的资源,使得每个联盟参与者都受益。illumina 所有的芯片都旨在使研究工作更快更好,推进高价值方法的开发,并在现实世界中迅速实施这些应用。如果您希望参与一个联盟,或有意发起一个新联盟,可直接与我公司的代表联系。

* 状态备注:

开放:开放的联盟产品可直接订购。

封闭:封闭的联盟产品需通过联盟领导者的准许后订购。

召集中:由 illumina 或其它研究机构发起希望组成的联盟