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Chromium从头组装(de novo)解决方案

True Diploid Assembly with the Supernova Assembler

利用Supernova™ Assembler系统可发现真实的基因组信息,并且成本低,质量高。10x Genomics

不需要任何类型的参考序列,即可揭示样本特异性序列,研究二倍体基因组结构。


解决方案的特点

● 建立真正的二倍体从头组装
● 快速、经济、简单的从头组装工作流程
● 在2周内完成从样品到组装
● 10 Mb的scaffold和更长片段的精度
● 仅需1ng DNA就可以得到高质量的组装文库
● 在人类基因组中已经得到验证和支持



上图:De novo组装的工作流程和要求。

从1ng起始DNA开始,使用Chromium™ Genome Reagent Kit试剂盒进行文库准备,在Illumina Hi Seq 2500或X进行38-56x深度测序,然后运行 Supernova™ Assembler程序。该软件使用方便,只需要三个简单的软件命令:从BCL文件开始,然后demux,以您选择的FASTA格式组装和导出。

应用

● 参照基因组的创建
● 杂合de novo组装
● 生成基因水平的de novo组装

研究领域

● 农业基因组学
● 遗传疾病
● 癌症基因组学
● 群体遗传学
● 生物多样性
● 基因编辑

支持的基因组特性

基因组大小:基因组在1GB-3.2GB的范围内已经过测试。

二倍体基因组:Supernova Assembler程序已经在二倍体基因组上得到了很好的测试,单倍体和多倍体基因组尚未评估。

其他基因组特征:Supernova Assembler还没有对重复序列远大于人类的基因组,以及有极端GC含量的基因组进行测试。

克隆性:我们强烈建议从单个有机体或克隆群体中获取DNA。

DNA大小:我们建议DNA大小为50 kb,或最好是100 kb或更大。