True Diploid Assembly with the Supernova Assembler
利用Supernova™ Assembler系统可发现真实的基因组信息,并且成本低,质量高。10x Genomics
不需要任何类型的参考序列,即可揭示样本特异性序列,研究二倍体基因组结构。
● 建立真正的二倍体从头组装
● 快速、经济、简单的从头组装工作流程
● 在2周内完成从样品到组装
● 10 Mb的scaffold和更长片段的精度
● 仅需1ng DNA就可以得到高质量的组装文库
● 在人类基因组中已经得到验证和支持
从1ng起始DNA开始,使用Chromium™ Genome Reagent Kit试剂盒进行文库准备,在Illumina Hi Seq 2500或X进行38-56x深度测序,然后运行 Supernova™ Assembler程序。该软件使用方便,只需要三个简单的软件命令:从BCL文件开始,然后demux,以您选择的FASTA格式组装和导出。
● 参照基因组的创建
● 杂合de novo组装
● 生成基因水平的de novo组装
● 农业基因组学
● 遗传疾病
● 癌症基因组学
● 群体遗传学
● 生物多样性
● 基因编辑
基因组大小:基因组在1GB-3.2GB的范围内已经过测试。
二倍体基因组:Supernova Assembler程序已经在二倍体基因组上得到了很好的测试,单倍体和多倍体基因组尚未评估。
其他基因组特征:Supernova Assembler还没有对重复序列远大于人类的基因组,以及有极端GC含量的基因组进行测试。
克隆性:我们强烈建议从单个有机体或克隆群体中获取DNA。
DNA大小:我们建议DNA大小为50 kb,或最好是100 kb或更大。
Linked-Reads支持复杂重复区域的解析,Barcodes用于定位和填补空白(如上面的灰色框所示),Barcodes允许我们推断出一组应该覆盖空白的Reads,由某些Barcodes中的所有Reads组成。在池中组装之后,它可以被重新插入到全局图中。
我们在4个人类样本和5个非人类样本上测试了Supernova Assembler程序,人类样本包括三种标准细胞系和HGP(人类基因组计划)供者的血液。非人类样本包括科莫多龙、斑点猫头鹰、Z蜂鸟、僧侣海豹、红辣椒。
Supernova Assembler计算程序真实的体现单倍体模型,与传统的单倍体Consensus组装模型相比,这是一个关键的优势。